设置或更改 FREQAx 或 FREQBx 的值后，必须同步 NCO。在 JESD204C 链路初始化或采用 SYSREF 时，会根据 NCO_SYNC_ILA 和 NCO_SYNC_NEXT 的设置执行 NCO 同步。JESD204C 初始化过程和直流耦合和交流耦合 SYSREF 信号的 SYSREF 过程如下所示。
使用 JESD204C SYNC 信号（SYNCSE 或 TMSTP±）进行 NCO 同步。尽管 64B/66B 编码模式不使用 SYNC 信号初始化 JESD204C 链路，但此信号仍可用于 NCO 同步，方法如下：
- 器件必须经过设定才能正常运行
- 使用 SYNC 信号将 NCO_SYNC_ILA 设置为 1 以启用 NCO 同步
- 将 JESD_EN 设置为 0
- 将 FREQAx、FREQBx、PHASEAx 和 PHASEBx 设定为所需的设置
- 在 JESD204C 接收器（逻辑器件）中，通过将 SYNC 设置为高电平来使 SYNC 信号无效
- 将 JESD_EN 设置为 1
- 在 JESD204C 接收器中将 SYNC 设置为低电平，将 SYNC 信号置为有效。这将在 8B/10B 编码模式下启动代码组同步 (CGS) 过程，或在 64B/66B 编码模式下启动触发器。
- 实现 CGS 后（或准备好进行同步时），同时为所有 ADC 设置 SYNC 高电平来将 SYNC 信号置为无效，从而同步每个 ADC 中的 NCO。SYNC 信号必须满足所需的设置时间和保持时间（如时序要求 表中所指定）
使用 SYSREF 的 NCO 同步（直流耦合）：
- 器件必须经过设定才能正常运行
- 将 JESD_EN 设置为 1 以启动 JESD204C 链路（SYNC 信号可在 CGS 过程期间正常响应）
- 将 FREQAx、FREQBx、PHASEAx 和 PHASEBx 设定为所需的设置
- 验证 SYSREF 是否已禁用（保持低电平）
- 通过将 NCO_SYNC_NEXT 设置为 1 来启用 NCO 同步
- 向所有 ADC 发出单个 SYSREF 脉冲，以同步所有器件中的 NCO
使用 SYSREF 的 NCO 同步（交流耦合）：
- 器件必须经过设定才能正常运行
- 将 JESD_EN 设置为 1 以启动 JESD204C 链路（SYNC 信号可在 CGS 过程期间正常响应）
- 将 FREQAx、FREQBx、PHASEAx 和 PHASEBx 设定为所需的设置
- 连续运行 SYSREF
- 通过对 SPI 写入结束时最后一个数据位 (LSB) 的 SCLK 上升沿进行计时，在所有 ADC 同时将 NCO_SYNC_NEXT 设置为 1 来启用 NCO 同步，以便 SCLK 上升沿发生在 SYSREF 上升沿之后，并且足够早地发生在下一个 SYSREF 上升沿之前，以便在下一个 SYSREF 上升沿（建议使用较长 SYSREF 期间）之前启用触发器
- 所有 ADC 中的 NCO 由下一个 SYSREF 上升沿同步